1778년(정조 2) 창건되었으며, 서원철폐령에 의해 훼철되었다.
그 후 1983년에 중수되었다.
현재 편액은 목계정사(牧溪精舍)이고 1동이다.
재실만 있다.
조선 숙종 조에 사림이 김담(金湛)과 이조(李晁)를 두능서원(杜陵書院)에서 봉향하다가 서원이 훼철되자 1778년(정조 2)에 유림들이 목계서원을 지어 다시 봉향하였다.
그 뒤 대원군의 서원훼철령에 의해 철폐된 것을 1883년(고종 20)에 강당을 중수하였으며 1983년에 완전히 복원되었다.
이 서원을 `목계정사(牧溪精舍)`로도 부르는 것은 훼철을 피하기 위해서였던 것 같다.
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